Dr. Rolf-Dieter Jungk begann seine berufliche Laufbahn im öffentlichen Dienst im Jahr 1991. In den folgenden acht Jahren war er in verschiedenen Funktionen im Bayerischen Staatsministerium für Wirtschaft und Technologie tätig. 1999 wechselte er in die Privatwirtschaft und arbeitete bis 2001 in der Rechtsabteilung der Bayernwerk AG, später bei der E.ON Energie AG.

Ab 2001 kehrte Dr. Jungk in den öffentlichen Dienst zurück und übernahm bis 2016 unterschiedliche Aufgaben innerhalb der Bayerischen Staatskanzlei. In dieser Zeit sammelte er umfassende Erfahrungen in der Koordinierung staatlicher Belange und der politischen Steuerung.

2016 wurde er zum Bevollmächtigten des Freistaates Bayern beim Bund ernannt. Dieses Amt hatte er bis 2018 inne. Ab 2019 übernahm Dr. Jungk die Leitung des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft und Kunst als Amtschef und bekleidete diese Position bis 2025.

Seit 2025 ist er Staatssekretär im Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt.